Нет. Так как там все же 4 полноценных фракций, а не 2. Но Братство действительно можно не трогать.
А можно поссорится и с Братством. В этом случае после уничтожения Института минитмены собьют Придвен и все будут счастливы.
Если не ссориться, то БС просто будут возмущаться тому, что ты разобрался с Институтом без них, и что минитмены обладают такой мощью, что смогли уничтожить Институт.